煌羽四十七年
在完成第五次的下江南巡的行程后，煌再次接到边关紧急文书，原来，在亲征准嘎丹战役后经过十六年的期间，西蒙古各部產生了长期的动乱，分成了很多的小型部落，其中，由准嘎丹的曾孙阿丹阿拉布坦率领的巴里坤部落在青海与西藏建立了自己的小天地，阿丹阿拉布坦与大曌维持表面的和平。
趁着煌羽帝处理国内的民族的矛盾的时候，于四十五年十月的时后出兵南下西域，将吐鲁番、喀喇沙尔、叶尔羌、喀什噶尔等城置于直接统治之下，与日军控制下的拉哈密对峙，四十五年十一月其弟派阿丹阿拉零敦多布领兵六万，昼伏夜行，秘密潜入西藏，次年，四十六年元月，丹策零敦多布偷袭拉萨王帐，杀死和硕特部首领巴藏汗，控制了藏内局势并进军青海。
控制西域后，策妄阿丹阿拉布坦于四十六年十二月再派阿丹阿拉零敦多布西征，征服了哈萨克的阿克汗，使哈萨克汗国分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹三个汗国，并均臣服于准噶尔，伏尔加河下游的土尔扈特部阿玉奇汗的三子三阿扎卜，因争夺继承权失败而被逐，率部眾数万馀户前来投奔，策妄阿拉布坦夺取了他的部眾，三济扎卜逃回土尔扈特部，阿丹阿拉布坦把这万馀户分给各宰桑，要求效忠，巩固汗权，阿丹阿拉布坦成为准噶尔名符其实的统治者。
煌在接获消息后，连夜召集议政王王爷与三品以上文武乾清宫开会，殿堂上主战派与主和派人数各半，煌集思广益决定于当月二十日派皇十四子奕禵、廉亲王八神奕衭、石田信一三人领兵发兵入藏，在两个多月之后，日军将丹策零敦多布军逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁，大曌王朝从此在西藏驻军，并于数年后设立驻藏大臣管理西藏，煌撰写平定西藏记，立御製平藏碑于布达拉宫前。
二月，奕禵提议分三路大军进兵伊犁，剿灭阿丹阿喇布坦，称：「各路马驼粮餉俱甚充足，器械俱已齐备，官兵各思奋力，阿丹阿拉布坦人心惶惑之时，可以直捣巢穴，扫荡无跡」，煌应允。
于是煌亲自制定了行军计划：
由石田信一带领关口俊道、阿喇真衲率军二十万由乌兰乌苏进兵吐鲁番，八神奕禵率军二十万前往征讨阿丹阿拉布坦部及乌梁海，八神奕衭率军二十万前往乌兰乌苏驻扎，广松广率傅尔丹尼、祁里必德在本处预备。
三月，阿丹阿拉布坦病死，其子准布尔零即位，六月，准噶尔零偷袭日军的阿卑尔山大营，闰三月，准布尔零在和通泊之战中大败傅尔丹尼所部日军，十月，准布尔零、丹策零敦多布东征喀尔喀，进兵至克鲁伦河，四月，大曌和硕额駙水原良二在光显寺会战中大败准布尔零军，准布尔零、丹策零敦多布率残部突围遁去。
四月，准布尔零遣使与大曌朝廷议和，双方大致以阿卑尔山为界划定边界，同时煌准许准布尔零入藏煎茶，此后二十五年间，青藏与大曌朝相安无事。
五月，准噶尔部盟爆发瘟疫，准布尔零病死，其长子喇嘛阿丹扎与次子阿丹多尔济那木扎尔争夺汗位，准噶尔陷入内乱，大策零敦多布之孙达瓦齐在辉特部台吉阿睦尔撒纳的支持下继承了其汗位，不久达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻，因准噶尔内乱不已，原本附属于准噶尔的各部落纷纷投向大曌王朝。
六月，原属达什达瓦部下的宰桑萨喇尔首先率部族投奔大曌王朝，车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率领杜尔伯特部内附，辉特部台吉阿睦尔撒纳投降大曌，被煌封为蒙古亲王，同时，大曌也招抚了唐努乌梁海和阿尔泰乌梁海，阿睦尔撒纳入朝后，将准噶尔虚实悉数稟告曌廷，煌羽皇帝认为攻灭准噶尔时机已到，谓之「天与人归，机不可失」。
七月，发兵三十万出征准噶尔，北路军以奕衭为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；西路军以奕禵为定西将军，唐努乌梁海为参赞大臣，萨喇尔为定边右副将军，两路大军约定于博尔塔拉会师，五月，日军进佔伊犁，达瓦齐眾叛亲离，率残部退至昭苏之格登山。
准噶尔降臣阿尔泰乌梁海带领日军二万人夜袭达瓦齐大营，准噶尔军惊溃，数千人不战自降，达瓦齐仅带少数人仓皇南逃，乌什伯克霍集斯将达瓦齐诱擒后缚送曌军，准噶尔汗国灭亡，达瓦齐被送往热河朝覲煌羽皇帝，被封为「北蒙绰罗斯亲王」，居于京师。
然而就在日军平定伊犁后，西征大军陆续撤回内地，仅留少量兵力驻防伊犁、乌鲁木齐等地，阿睦尔撒纳野心逐渐显露，被班第等大臣察觉，奕衭密奏煌羽皇帝，称阿睦尔撒纳暗中将投降日军的准噶尔部落收为己有，且不用副将军印章，而鈐盖噶尔丹策零所用的菊形小印，隐然以厄鲁特四部总汗自居。
八月，阿睦尔撒纳以暂归治装为藉口，以副将军印信交予额琳沁多尔济，潜逃至塔尔巴哈台，与其旧部相约反叛，伊犁的准噶尔宰桑锡克锡尔格等起兵响应，奕衭率五万人东撤，被叛军围困，日军突围不成，萨喇尔、唐努乌梁海自剄，萨喇尔丢弃官服，换上旧时准噶尔衣冠逃出，被叛军擒获，煌羽皇帝闻讯大怒，将额琳沁多尔济赐死，以石田信一为定西将军，发两路共二十万大军征讨阿睦尔撒纳。
九月，石田信一再次攻佔伊犁，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，受到右部哈萨克汗阿布賚庇护，没有多久，西征日军主力撤回内地，日军将领指挥失当，多次追击阿睦尔撒纳不得，使准噶尔各部落產生了轻视之心。
十一月，受煌羽皇帝册封的噶勒藏多尔济、巴雅尔举兵反叛，攻陷乌鲁木齐，驻扎伊犁的定边右副将军白米饭率少量日军东撤，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌围困，白米饭夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐，得知乌鲁木齐已经失陷，继续向东撤退，途中遭遇雅尔哈善派出的援军，于同年十月退回巴里坤。
十二月，阿布賚与阿睦尔撒纳反目相攻，阿布賚归降曌廷，称臣纳贡，阿睦尔撒纳逃回青海，于年底染疟疾而死，煌趁机发兵青海，佔领藏山北路，由于准噶尔下属部落头领是时叛时降，反覆无常，使日军损兵折将，煌羽皇帝因此认为其「豺狼成性」，下旨将叛乱部落尽行剿灭，「永绝根株」。
煌羽四十八年元月，青海知府上奏阿睦尔撒纳之死讯，曌廷派人前往边界验看尸首，煌羽皇帝以平定阿睦尔撒纳，宣諭中外，二日，日军剿除了正在逃亡的叛军残部首领玛哈沁，更平定青禹，藏山北路是基本底定，不久又平定了青藏，将整个新疆纳入大曌王朝版图。