——the dark side of dimensions——
前略，法老王亚图姆的故事在冥界之门的光芒中终结，但在埃及遗迹的考古发掘工作中却再次出土了法老王的象征之物——千年积木的碎片。得到了千年积木的海马，使用了划时代的决斗技术与武藤游戏展开了激烈的决斗。在他们的背后，是一位名为蓝神的少年所伸出的阴谋之手......
时间的一年后，在故事的开始与虚拟的亚图姆进行了对决，虽然获得了胜利但依旧无法解除心结，由于没能击败亚图姆一直耿耿于怀的海马为了能和亚图姆再次对决企图通过重新拼合千年积木，召唤回亚图姆的灵魂，期间遭到了本作反派蓝神的阻拦，在蓝神使用新的千年神器将周围的人次元化时海马以公司开发的全新决斗盘的力量弹开了蓝神的力量，并与蓝神进行了次元领域决斗。
在次元领域中上级怪兽的召唤无需祭品，不会产生战斗伤害，但怪兽遭到破坏时玩家会遭到怪兽攻击力数值的伤害，在蓝神的方界卡组的压倒性的力量下海马一度陷入了劣势，在情急之下海马召唤出了神之卡「欧贝利斯克的巨神兵」，依靠神之卡的力量逆转了局势，之后蓝神中断战斗离去。
距与暗游戏的最后决斗结束后一年，游戏他们看似已经重返日常。此时的游戏已经变得比较成熟，目标是成为游戏设计师，也已设计好游戏并报名参加德国的设计比赛。
由于千年积木剩下的碎片在武藤游戏的手中，且需要通过武藤游戏作为宿体才能召唤亚图姆的灵魂，于是海马举办了比赛召集了武藤游戏和蓝神进行决斗。
受海马邀请参加测试比赛，对于海马执著于让亚图姆回到现世是抱着无奈但能理解，即使自身也希望能再见到亚图姆，却也知道亚图姆是早已逝去之人，他们终究无法长久重逢。
游戏为了让被蓝神带走的貘良君回来，先于蓝神进行了决斗。
在武藤游戏击败蓝神后海马与武藤游戏展开了决斗，一心执着于与亚图姆对决的海马根本没有将武藤游戏放在眼里，起初靠着自己新的「青眼白龙」怪兽以压倒性的力量和游戏互搏，自己召唤的「青眼混沌极龙」、「渊眼白龙」被相继消灭。
在决斗中被游戏告知了亚图姆已无法回来的事实，但海马仍然不愿意接受这个结果，企图使用「死者苏生」却被游戏的陷阱卡再次逆转，在正要接受游戏的攻击时比赛会场发生异变，被千年轮的邪恶意志支配变成了魔物的蓝神归来。
海马与游戏临时组队与蓝神对峙，最后海马牺牲了自己，将千年积木给予游戏，让游戏呼唤亚图姆，直到最后一刻仍然坚信着亚图姆，最后因体力不支而快倒下时，再次见到带着马哈德降临的亚图姆，亚图姆归来打倒了蓝神，一切恢复正常，苏醒的海马改变游戏只是王之灵魂的容器的想法，承认了游戏也是一位「高傲的决斗者」。
故事的尾声，海马使用了蓝神留下了神器启动了次元领域决斗系统，将自己传送到了冥界，与亚图姆再一次进行了决斗。
ps:溟海下章会登场哦～