在讨论协定草案时，南京代表团对草案提出了四十余条意见，中共方接受了二十余条。例如战犯问题，南京方面是很关心的。毛**在4月8日致李宗仁电中就谈到:“贵方既然同意以八项条件为谈判基础，则根据此八项原则以求具体实现， 自不难获得正确之解决。战犯问题。亦是如此，总以是否有利于中国人民解放事业之推进，是否有利于用和平方法解决问题为标准。”
讨论协定草案时，南京代表团对战犯问题争得很厉害，主张不要将战犯问题写入协定。我方照顾他们的意见，将战犯分为两类，对其中怙恶不悛者，应于从严惩办;而“一切战犯，不问伺人，如能认清是非，翻然悔悟，出于真心实意，确有事实表现，因而有利于中国人民解放事业之推进，有利于用和平方法解决国内问题者，准予取消战犯罪名，给以宽大待遇。”
除战犯外，对于国民党军队官兵及国民党**工作人员，决议修正案也表示了予以宽大处理的精神，其它各项问题也在认真听取南京代表团的意见后，作了适当的解决。
谈判中，中共方代表团还主动向他们保证，若李宗仁**接受和平协定，中国共产党将负责同各****协商，接受他们以及南京**方面若干人参加新的****会议，也参加联合**。
4月14日，周恩来向在北平的部分民主人士报告第一次谈判的经过以及南京代表团对《国内和平协定》草案的意见，并广泛征求民主人士的意见。
沈钧儒、马叙伦、黄炎培、谭平山、彭泽民、蔡廷锴等人先后发了言。他们的意见很集中，认为中共方已作出了不小的让步，《国内和平协定》草案之宽大已出乎意料，在渡江接收国民党反动政权、改编其军队及战犯这些根本问题上，不应该再让步。
****和无党派人士也积极配合做南京代表的工作。和谈开始前，毛**接见李济深、沈钧儒等多人，并将我方的具体方案、文件先与民主人士商量。会议开始后，也将情况向他们通报。
李济深、谭平山、王昆仑、陈此生、陈邵先、朱学范、许宝驹等也多次与南京代表谈话。如4月2日，张治中等六人去见李济深，李向他们说:“孙总理的三民主义与三大政策始终未能实现，而中国共产党的反帝、反封建、反官僚资本主义都做到了。他们与孙总理的主张是一致的。我们做错了，我们要承认。”
张治中等就“中共是否允许其他党派存在”等问题提出询问，李一一作了解释。这些谈话，对南京代表团接受《国内和平协定》修正案，起了积极的促进作用。
李济深还派私人代表朱蕴山、李民欣同刘仲容一起去南京，做李宗仁、白崇禧的工作。最后，中共方接受了南京**代表团二十余条意见后修改过的《国内和平协定》八条二十四款修正案稿向大家宣读，大家均表同意，并认为不需要逐条讨论了。
4月15日，召开第二次正式会议。会上宣布了协定的修正案。周恩来说:“这是定稿了。我们总是尽量求取原则上的同意和实施技术上的合理，以便南京代表团说服南京**，使协定很快签字，从而推动和平事业的进行。”
最后他郑重宣布:“谈判以4月20日为限期，南京**是否愿意签字，须在20日以前表态。”
南京代表团派黄绍豌、屈武于4月16日携《国内和平协定》修正案飞南京请示，希望南京**能接受这一协定。蒋介石阅罢《国内和平协定》拍桌大骂:“文白（张治中将军字文白）无能，丧权辱国!”
憋了几个月的蒋介石，终于强硬地行动起来。他把南京的李宗仁撇在一边，命令蒋经国传达他一系列手谕，给前方将领打电话，部署最后一拼:“告诉汤恩伯，让他给我好好打，一定守住长江天险!”
“告诉白崇禧，和谈已经破裂，华中地区全靠他了!”···20日深夜，李宗仁、何应钦复电张治中并各代表，拒绝接受《国内和平协定》，并反对渡江。
21日，毛**、朱德发布渡江命令，谓:“拒绝这个协定，就是表示国民党决心将他们发动的反革命战争打到底。拒绝这个协定，就是表示国民党在今年1月1日所提议的和平谈判，不过是企图阻止人民解放军向前推进，以便反动派获得喘息时间，然后卷土重来扑灭革命势力。拒绝这个协定，就是表示南京李宗仁**所谓承认中共八个和平条件以为谈判基础是完全虚伪的。”
命令一下，中国人民解放军便全面渡江。谈判破裂后，周恩来在北京饭店召集各党派、团体和民主人士代表会议，周恩来作了《关于南京**拒绝和谈及时局的发展》的报告。
与会的冯友兰等一批教授会后向我们表示:“中共所提和平方案，条件非常宽大，南方人民将更清楚地看到谁是谁非。”
并希望人民解放军早日解放全中国，相信中国共产党今后能与各****真诚合作。人民解放军渡江后，南京方面曾派飞机来接代表团返宁。中共考虑他们回去后的安全问题，挽留他们。
周恩来曾于20日夜打电话给张治中、邵力子，派他代表中共中央、代表毛主席和他本人请南京和谈代表团同入全部留下;对已协议的《国内和平协定》，日后还会起作用;代表团各位，今后还会有贡献，请他们考虑。
最后谈谈李宗仁。他由于当时的立场所限，未能在和平协定上签字，走错了一步棋，后来不得不远去异国，这确实是个遗憾。
值得欣慰的是，出于爱国热忱，并在党的统一战线政策的感召下，1965年7月，他毅然排除险阻，远渡重洋，回到祖国的怀抱。
周恩来、叶剑英及党和国家其他领导人、各****负责人、无党派人士、国民党起义人士以及当年南京**和谈代表等多人去机场迎接。毛**在中南海接见了李宗仁，与他亲切握手，笑谈契阔。
他参观、访问了祖国各地，所到之处，受到盛情接待。在回国声明中，他说:“1949年我未能接受和平协议，至今犹感愧疚。”
李宗仁先生最后选择了叶落归根、回归祖国的光明道路，是令人敬佩的。爱国一家，爱国不分先后，只要对国家和民族的事业作了贡献， 人民都是欢迎的，人民优待他们，也不会忘记他们。