后来远在大陆的“老上级”赵继统给他去了一封信，点明他“威势震主”，应知居高思危之道，把谍报大权推给蒋经国。
彭孟缉这才慢慢开了窍，在一次谒见蒋介石时，谦称自己德薄才浅，不堪膺此重任，恳请另荐贤能如经国先生，来“台湾情报工作委员会”。就此，蒋经国正式接管谍报机构。
蒋氏父子当然视彭孟缉为功臣，待他甚厚，后晋升其为一级上将，国防部长等职。
在利用彭孟缉“清道”的同时，蒋介石父子对付毛人凤的另一招，是重建“总统府机要室资料组”，“资料组”主任自然是蒋经国（赵继统以前担任的工作）。
这样，借助“资料组”，蒋经国统辖台湾谍报系统的合法性有了保障；借助“台湾情报工作委员会”，蒋经国又有了统辖台湾谍报系统的实权，蒋经国便成了名副其实的台湾“特务头子”，同年7月又担任中国国民党中央改造委员，正式了进入国民党的决策层。
将保密局“收归国有”。用什么手段能达到这个目的？遵从“旨意”，紧跟其脚步的老特务郑介民向他献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，此事非同小可，蒋经国岂敢擅自决定，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。
毛人凤败退台湾后，曾向一个密友透露过自己的做官秘诀全在忍、等、狠三字。人说毛人凤像龟，取的就是他能屈能伸的性格。别人当众搧他耳光，毛人凤微笑自若，蒋介石脱下鞋帮往他脸上乱打，毛人凤说这是领袖的爱戴，心字头上一把刀，毛人凤坚信忍能避祸，也能为升官发财铺好路径。
可不知为什么，原先一直不插手保密局的内部事情的蒋经国开始三番五次的找毛人凤的事情，毛人凤内心十分不满。除了蒋经国，蒋介石也经常找毛人凤的麻烦，一是因为蒋介石兵败，如今偏居一隅，内心肯定十分失落，二来毛人凤虽然一直跟着戴笠干事，但其实只是个打下手的，有些事情根本不熟悉，这让本就火大的蒋介石看起来更是气愤，天天教训毛人凤，毛人凤两面受挫，内心郁闷之极。
毛人凤迫切想要改变在蒋介石心中的地位，他手下的杜长城给毛人凤出了一个馊主意，让毛人凤去绑架蒋经国，然后去找蒋介石索要巨额赎金，毛人凤在出面救援，最后救出了蒋经国，这样不但教训了蒋经国，而且还可以改变在蒋介石心目中的形象，一举两得，毛人凤觉得甚是在理，一拍脑袋就答应了。
杜长城算是一个知名人士，曾在四平战役中立有“战功”。国民党逃离大陆时，杜任国防部技术总队队长，负责破坏各种设施，阻滞解放军前进；抵台初期，在“保卫大台湾”的口号下，技术总队又设计出在海水中遇敌自动升起爆炸的多种**，备受毛人凤赞赏。
毛有意提携杜长城，想进一步委以重任。就在杜长城准备开始实施计划时，蒋介石在台湾开展了“反腐败斗争”，号召大家互相揭发，惩处贪腐。毛人凤马上来了一个先下手为强，他举报了老对手郑介民太太借建设防空工程之机贪污工程款。
都是特务出身，郑介民岂能让毛人凤搞鬼，他马上点出了毛人凤夫人向影心，由此牵扯出了杜长城在 “海上大爆破”军演预算中，身为国防部技术总队长乱造预算，用以购买黄金孝敬毛人凤夫人向影心。
结果人赃俱获，杜长城等一干人等被捕。蒋介石大笔一挥，撞上“廉政风暴”的杜长城就要被枪决了，赶紧向蒋经国密报了此事企图保命。
蒋经国得知毛人凤要绑架自己，而且还要暗杀自己，于是跑去告诉了蒋介石。蒋经国是蒋介石唯一的儿子，蒋介石一听立马火冒三丈，找来了毛人凤，毛人凤自然百般解释，蒋介石一是拿不出证据，而且大陆那边的特务结构还需要毛人凤指挥，所以也不好拿他怎么样，将毛人凤一顿训斥之后，让他即日整改军统，再有这样的话传到他这立马毙了毛人凤。
蒋介石还在“军演预算”的卷宗上用红笔在呈文正面的名单上打个括号，批示“一律枪决”。杜长城及涉案（意图绑架案）的另一个毛氏亲信胡凌影没能逃过此劫，成了蒋经国的枪下鬼。
这件事让毛人凤吓出了一身冷汗，不但要顶着巨大的压力工作，而且还没有任何好处，隔三差五还要被蒋介石数落，慢慢的，毛人凤的身体垮掉了，病急乱投医，毛人凤找到了一个江湖神医，给他开了各种灵丹妙药，毛人凤吃了以后病情越来越重，以为患了癌症。
这让毛人凤更为害怕，只好去医院做检查，但因为长时间服用江湖神医的“灵丹妙药”，毛人凤的肾脏已经严重衰竭，只得跑去美国治病。
蒋经国趁机开始进行情报改组，建立现代谍报体制，保密局改组为不再肃谍与保安的情报局，隶属中华民国国防部。毛人凤仍为首任中华民国国防部情报局局长，官拜二级上将，基本上已无实权。
从美国治病归来的毛人凤，整日惴惴不安，原先只是一个小病，慢慢成了大病，没过多久毛人凤撒手人寰，郁郁而终，在这期间，蒋介石一直对他不闻不问，也许还是对毛人凤绑架蒋经国的事情耿耿于怀。
1956年10月14日，毛人凤因病去世，时年58岁。毛人风死后，郑介民想起了赵继统的一次通信中，赵提到：“不要跟（蒋）夫人太接近，总统是很忌讳这一点的，毛人凤早晚会死在这上面。”