“叮！世界抽取开始……”
“叮！世界确定《奥特银河格斗：新世代英雄》！”
“叮！传送开始…………”
黑暗路基艾尔、艾塔尔加…过去的宿敌不断复苏！ 还有谜一样的邪恶奥特曼——黑暗艾克斯奥特曼和黑暗捷德奥特曼！
被称作奥特黑暗杀手的黑暗魔人，具有创造奥特战士的黑暗战士的能力。赛罗奥特曼和格丽乔奥特曼落入了黑暗杀手之手！ 为了应对这场危机，泰罗奥特曼召集了“新世代英雄”，银河奥特曼、维克特利奥特曼、艾克斯奥特曼、欧布奥特曼、捷德奥特曼、罗索奥特曼、布鲁奥特曼，以及银河救援部队的利布特奥特曼作为辅助。 “新世代英雄”与“黑暗军团”之间的战斗将开始！
艾克斯和捷德在某颗行星和黑暗捷德和黑暗艾克斯决战，反被对方的技能打败。另一边，格丽乔在地球上，赛罗阻止奥特黑暗杀手来到地球，奥特黑暗杀手一击将两人送走。在光之国，罗索和布鲁忽然被召唤到光之国。
赛罗和格丽乔被关在黑暗杀手空间，泰罗向罗索和布鲁说明情况后，罗索和布鲁一时冲动去救人，离开光之国。另一边在行星o-50，欧布被黑暗艾克斯和黑暗捷德袭击，随后产生决斗。
罗索和布鲁在行动时，被人袭击。利布特奥特曼在击败怪兽后，接受到泰罗发来的任务出动。在行星o-50，欧布被黑暗艾克斯和黑暗捷德打败，后吸收欧布的光之能量，之后维克特利及时赶到。
罗索和布鲁在岩之行星和艾塔尔加决战，之后利布特及时赶到，罗索和布鲁在利布特的帮助下撤退。在o-50行星，维克特利和欧布及时撤退。在夕阳行星，艾克斯和捷德准备离开时，黑暗路基艾尔出现，银河及时赶到，和路基艾尔决战。
银河同路基艾尔交战，艾克斯与捷德趁机发射光线击伤路基艾尔，三人回到光之国，同其他新世代英雄与泰罗会合。被困在黑暗杀手空间内的赛罗向格丽乔输送能量，泰罗则向新世代英雄们讲述了当年与黑暗杀手决战的故事
隐藏在特内布里斯行星的黑暗杀手利用杀手等离子和欧布的光之能量制造出黑暗欧布，路基艾尔和艾塔尔加分别提出要对付银河与维克特利，突然出现的神秘蓝色巨人要求黑暗杀手制造出银河等人的黑暗体。黑暗杀手以赛罗和格丽乔作为人质要挟光之国，为了救出两人，银河带领着新世代英雄们向特内布里斯行星进发
新世代英雄们同黑暗军团展开大战：艾克斯、欧布、捷德对战各自的黑暗体；银河与维克特利分别迎战路基艾尔和艾塔尔加；罗索和布鲁则直面黑暗杀手，但因为黑暗杀手空间的影响，两人的能量很快进入了流失状态
新世代英雄们的攻击不断地被各自的敌人之所反击，与黑暗杀手交战的罗索和布鲁也遭受重创而倒下，黑暗杀手却在这时利用赛罗的光之能量与杀手等离子制造出了黑暗赛罗
黑暗赛罗向赛罗和格丽乔发动了攻击，罗索和布鲁也被黑暗杀手擒住并夺取了光之能量。另一边，利布特在魔法空间内找到了蓝色巨人——托雷基亚奥特曼，并与其交手。新世代英雄们遭受重创节节败退，关键时刻，众人想起了赛罗赐予他们的力量，银河维克特利、艾克斯赛罗装甲、欧布艾梅利姆头镖，捷德豪勇形态登场