在不知敌人为何要破坏金属板的情况下，翔太等人再度与盔甲枪炮手对上，但遗憾的是，金属板依旧在他们眼前被击成碎片，而变身成宇宙巨兽的盔甲枪炮手，也让三名幻星神陷入了苦战。就在千钧一发之际，真也想到了古书上所记载的光龟星神兽，便抱着姑且一试的心态进行召唤，想不到光龟果真存在，并且与雷零守合体，变为全新的幻枪星神。
得知金属板上的图案与猎户座酷似的翔太，决定从研究猎户座着手调查，其父源太郎得知后，建议他不妨前往请教猎户座博士——二宫省藏。对于前来造访的翔太与由加，二宫表示自己的孙子在12年前被猎户座的外星人带走，并且带两人前往当年的事发地点。抵达现场后，为了证明自己的确目击幽浮，二宫拿出了一样东西，正是翔太等人苦苦寻找的史特拉金属板！
真也与由加一同拜访二宫的女儿，得知二宫是因为无法承受孙子死亡的打击，才会在无意识中编出被猎户星人掳走的虚假记忆。但因为翔太决定相信二宫爷爷，大家也只能静观其变。就在此时，敌人的怪兽为了引出翔太与二宫而现身在湾岸地区，为了不让敌人称心如意，真也与由加决定将翔太排除在外，不料翔太却因为放不下心而执意前往现场，也让二宫所持有的金属板因此遭到破坏……
发现金属板所刻图案为猎户座后，真也以此为依据推算出金属板的埋藏地点。在寻找过程中，由加救了一名自称金属板守护一族的落难武士，并根据他的指示找到了金属板，但也因此成为机动骑士追杀的对象，武装更因为受创而自动解除，为了不让金属板落入敌人之手，她毫不犹豫地跳入了河中……
真也等人救了金属板守护者——武田广之，并根据他的话，推论金属板应是娜伦用来封印哈迪斯大帝的工具。就在此时，广之感应到敌人为了夺取金属板，正在他们所在的医院而来。之后，真也要求广之利用他特殊的感应能力，为大家搜寻其余金属板的下落，不料却还是晚了一步，众人赶到之时，金属板早已成为碎片，更糟的是，为了夺取幻星神手中的金属板，佐拉这次竟派出了二只怪兽！
当翔太等人正在研究金属板之际，源太郎突然出现，翔太情急之下随手将金属板藏在源太郎收纳棒球用具的袋子里，结果竟被不知情的源太郎带出门，也让源太郎成为机动骑士攻击的目标。事后，源太郎不断追问缘由，父子俩因此发生口角，就在此时，怪兽再度现身作乱，为了了解真相，源太郎也在稍后赶赴现场，结果却不慎被倒塌的物体压伤。
因为金属板的缘故，不仅让源太郎受到牵连，同时也得知翔太等三人是幻星神的事实。之后，源太郎想到了一个诱敌之计，于是大家兵分两路，希望藉此引出佐拉博士。但敌人也不是省油的灯，就在翔太与由加对上佐拉之时，刚徒则对上了机动骑士根特龙，结果一个不小心，金属板居然就在众人眼前被击成碎片，让真也自责不已，但不知为何，源太郎却一点都不难过……
众人根据真也的计算，前往最后一块金属板所在的神城山，不料佐拉早已在当地布下天罗地网，她的瞬间移动能力让三名幻星神束手无策。所幸在危急之际，小澪身上的正义水晶释出幻星之力保护了众人。然而，小澪却在这之后说出了一个惊人的秘密——最后一块金属板居然在哈迪斯的正上方！
翔太等人打算趁哈迪斯大帝尚未解除封印而动弹不得之时加以铲除，但佐拉博士却利用瞬间移动能力进行牵制，让三名幻星神吃尽了苦头，眼看三人命在旦夕，小澪不得已只好交出金属板。尽管众人极力阻止，金属板依旧毁于佐拉之手，哈迪斯大帝也就此复活。之后，为了让哈迪斯顺利搭乘宇宙战舰逃逸，佐拉变身成为巨型怪兽，让幻剑与幻枪星神相继陷入苦战，就在此时，第三名幻星神「幻影」终于现身了！
佐拉博士被消灭后，哈迪斯大帝派出了亲卫队——由巴卡斯将军所率领的歼灭指挥官，并且下令全力铲除幻星神与幻星之力，并由基鲁蒙多担任先锋。面对全新的敌人，向来天不怕地不怕的翔太以为会跟之前一样好对付，没想到红莲星神的绝招「超级烈焰」居然轻易就被敌人破解，让翔太深受打击；更糟糕的是，好友阿彻竟因为不满翔太对自己有所隐瞒，决定与之绝交。