科学家叔叔及时赶到,用火枪将冰快速融化,救了问天等人,打败了坏人。问天问科学家叔叔借了火枪救了整个村庄。女王等人得知问天已经到达第三区域:辽阔高地后,火速赶往。
问天等人到达雷达指示的地方,本以为第三圣兽就在此地,没想到却看到一群绵羊。最终,问天等人打跑了无敌盟主,得到绵羊头领的认可,把圣兽力量交给了问天。问天等人离开后路上遭遇暴龙袭击,情况危急。
燕侠询问问天等人的行踪,被告知他们已经前往第四区域。而此时,问天却与暴龙展开大战,天晶兽意外不敌暴龙,眼看就要牺牲。
南宫问天和天晶兽都不在,神兵小将们遇到了洪水将军,西门孝自告奋勇出战,幸而武勇及时赶到,暂时击退了洪水将军。
南宫问天来到天空城堡,婆婆救回了天晶兽,南宫问天带着新生天晶兽及时赶到其他神兵小将的身边,并打败了洪水将军和徽章王。
西门孝遇到了东方铁心,他们在海边遇到了指挥将军,南宫问天用计谋打败了指挥将军。
神兵小将们进入海边灯塔,没想到中了海盗将军的机关,大家都被捉了。武勇及时赶到,南宫问天趁机放出了大家,没想到海盗将军逃了出去。
海盗被神兵小将追得无处可逃,以美人鱼威胁尖嘴鲸鱼对抗神兵小将。最终,神兵小将将美人鱼救出,美人鱼将圣兽之力给了他们,神兵小将们向第五区域进发。
问天与敌人展开对战,而此时龙舟却被一块巨大磁石吸住,正往下坠落。天魔派出大批魔兽消耗体能,让神兵小将无法在四小时内收拾天魔。
宗主在与徽章王打斗中不小心中招,变成了小徽章。另一边,问天等人在不多的时间内赶去收拾天魔,却遇到了卷土重来的天地盟主。
神兵小将们最终找到了天魔所在地,与其展开大战,最终耗费众人之力,将其封印,天下再次恢复太平。
神兵小将们如约到南宫城里会合,没想到南宫问天近期好吃懒做,早就没了之前的英气,南宫城主等人商量将神兵小将们安排到神兽学校中参加学习。
南宫问天被盖世太保抓走,幸得虎魄搭救,在神兽学校校长的鼓励下,问天决定重新振作,保护神兽学校。
南宫问天坚持锻炼,状态也恢复得差不多,布偶王子又派人来袭击神兽学校,猫头鹰主任被抓走了。
南宫问天中了渔夫将军的计,在没有神兵的帮助下,问天根本打不过渔夫将军,幸得虎魄帮忙才击败了渔夫将军。
渔夫与问天大战,在猛虎帮助下,问天取得胜利。敌人决定从内部入手,派出蛀牙将军,希望以此瓦解问天的战斗力。
木偶王子很生气,将神兽变成木偶,攻打神兽学校的计划再次失败。盖世太保挑选了磁力将军作为自己的助手。这次,神兵小将在小矮子神兽(仓鼠小奇)的帮助下,成功打败了磁力将军。
神兽学院的新校长刚来就碰见了号称速度第一的神兵兽星宿,两人开始比拼速度。王子给了盖世太保第五次机会,希望能够打败神兵小将们。
星宿和新校长因为比拼速度,惺惺相惜,成为朋友,星宿答应前往神兽学校,帮助打败木偶王子。而此时,神兽学校的黑白水牛两兄弟却因为一点小事吵了起来。
布偶王子的手下开始在神兽学校附近抓人,隐身将军更是凭借自己隐身的本领进入神兽学校,最终被南宫问天击败。
蓝巨人将军和红巨人将军奉命到神兽学校攻击神兵小将们,没想到在路上遇到泥石流,红巨人将军受伤失忆,幸得神兵小将们救了他,红巨人将军决定从此向善。
铁面判官为了击败神兽学校,开启了恶人监狱,神兵小将们和各自的神兽合力粉碎了铁面判官的阴谋。
布偶王子吩咐盖世太保找来冰总管,冰总管伪装成小偷进入神兽学校偷走了天晶兽的布偶,在南宫问天和东方铁心去找天晶兽的同时,盖世太保趁机抓走了南宫问雅。
神兵小将们抓的抓、伤的伤,南宫问天将此归咎于自己,宽容将天晶兽恢复,大家一起前往营救南宫问雅。
玉燕女王听说南宫问雅被抓了,准备去神兽之乡搭救。南宫问天等人循着踪迹寻找南宫问雅,冰总管突然出现,战斗随即展开。