“叮！已抵达！”
在人类经过与怪兽的漫长战斗之后获得了和平的时代。宿有怪兽之魂的少女们在地球上诞生。人们如此称呼拥有变身为怪兽能力的她们——unidentified mysterious girls，即“怪兽娘”。这是背负着坎坷命运的强大、梦幻而美丽的怪兽娘们的悠然物语。
普通的女子高中生宫下阿姬、牛丸咪库、白银玲华，突然接到一封来自girls的迷之邀请函。在那里等待着她们的，是一名自称比格蒙的少女。
从girls的指导系少女比格蒙口中，阿姬等人得知自己是怪兽娘，并被交予了灵魂装置。但是究竟该如何变身，她们却无从下手。
咪库和白银相继学会了变身，依然毫无头绪的阿姬对此感到焦躁。这时，她与最强的怪兽娘·杰顿相遇了。
学会变身的三人，终于开始以girls的见习生的身份工作。但兴奋的她们第一次接到的工作却是——发传单。
在久违的假日，阿姬、咪库、白银三人一起去原宿游玩。在那里，她们遇到了成为话题中心的“大怪兽格斗”的人气选手。
阿姬等人被通知成为girls的正式队员需要进行考试。作为怪兽娘，该选择什么方向？该把什么作为目标？三人各自思考。
街道上的火灾频频出现引发骚动，girls怀疑时暴走的怪兽娘所为。在酿成大祸前抓住暴走的怪兽娘，被委托了任务的阿姬等人，一转身便遭遇了暴走怪兽娘。三人的第一次战斗即将打响。
第一次到外地出差，目的地是大阪！在大阪等待三人的“大怪兽格斗”的种子选手黑田三日月，她将给阿姬带来的究竟是怎样的试炼？
这次，怪兽娘三人为了帮助艾雷王来到了札幌。与艾雷王同为bl爱好者的白银心中充满了期待，但在此时，意料之外的状况却降临在她们身上。
怪兽娘三人和三日月来到古都·京都观光。在清水寺，她们撞见了引发骚乱的二人组，那是雷德王，和她的弟子赞德利亚斯。
girls的最终考试开始了！通过了笔试的三人，对即将迎来的实战测试摩拳擦掌，但在这是，girls收到了来自艾雷王的紧急联络。
面对不断出现的迷之敌人“影子”，三日月、雷德王、艾雷王奋力迎战，阿姬、咪库、白银也不甘示弱。但在迎来胜利之前，突然出现的强敌——兽型影子挡在了她们面前
在成为怪兽娘后，已经习惯了“girls”生活的阿基拉被委托了金古桥见面会的警备工作。但在见面会期间，有人在会场引发了骚动，这时，嘎次星人出现了。
噶次星人很快压制住了暴走的粉丝，并向阿姬介绍了这种会俯身的雾型影子。
解决事件的嘎次星人和阿姬来到咖啡馆就餐，在她们畅谈之际，街上又出现了影子，被二人合理消灭。当晚，出现了嘎次星人的分身。
由于影子愈加肆虐，皮古蒙让怪兽娘们参加特训，在此期间，发现嘎次星人状态不对的皮古蒙委托艾雷王去暗中调查。
特训结束后，哥莫拉带着阿姬和白银出去逛街，却遇到了雾型影子。当晚，嘎次星人的分身也开始行动。
雷德王带着白银到赞德利亚斯家家访，意外地发现她的母亲也是怪兽娘。同时，皮古蒙传来了咪库被袭击的消息。
众人到医院探望咪库，阿姬因为不相信嘎次星人是凶手而冲出了医院。在杰顿的开导后冷静了下来，并一起组织了无人汽车撞向幼儿园的事件。
因为live被取消而愤愤不平的诺伊茨拉、赞德利亚斯二人和白银在回家路上看见了嘎次星人与她分身的对决，并嘎次星人被打倒，失去了灵魂装置。
因为嘎次星人被打倒，众人开始商量对策，艾雷王也指出雾型影子才是分身黑化的罪魁祸首。
怪兽娘们决定用举办live的假消息引出影子分身，在分身上钩后，借用了咪库的灵魂装置的嘎次星人也加入了战斗。
影子分身在战斗中压制住嘎次星人，并打败了前来支援的阿姬，在阿姬的疏导下，嘎次终于开口向大家求助。众人齐心全力打败了影子分身，使她恢复正常。而在此时，影子将军出现了。
面对前所未有的强敌，艾雷王带着玛伽贾巴、玛伽贾巴一同来支援。一番苦战后，阿姬也在杰顿的帮助下战胜了影子将军。
既没有大城市那般的嘈杂，也没有郊外般闲暇的街道，祖师谷大藏。憧憬着怪兽娘们的组织“girls”的同时，又是一名极其平凡地度过每一天的女高中生·平贺冴月。某一天，因为觉醒了不可思议力量而困惑的冴月，拯救了她的并不是她所憧憬的“girls”而是自称为布莱克指挥官的怪兽娘所率领的邪恶军团“black stars（暗黑群星）”！？
“叮！剧情结束！”
“叮！恭喜主人路过《怪兽娘～奥特怪兽拟人化计划～》以及剧场版《怪兽娘（黑）～奥特怪兽拟人化计划～》，奖励：所有出场的怪兽娘！”
“叮！全部放入‘究极战斗仪’中……”
“叮！以全部放入！！”