祭海大典完毕之后，郑森的船队随即从澎湖列岛出发，迅速驶向鹿耳门海港。
考虑到军中缺粮，且澎湖列岛不容有失，郑森并未带上四叔郑鸿逵的船队。饶是如此，出征的船只仍旧多达四百余艘，船员三万多人。
船队浩浩荡荡行驶在海面上，战舰延绵数里，海光朣朦，船桨翻飞，桅杆林立。
自从郑和下西洋以来，东海之上再也没有出现过如此庞大威武的船队。郑森站立在甲板上，心潮澎湃，他想起了陆游的一句诗，“三万里河东入海，五千仞岳上摩天”。
大丈夫顶天立地，该当如此！
眺望浩渺无涯的海面一阵，郑森回到了作为指挥室的船舱里，召集将领们道：“根据何通事带来的情报，我军要收复东番岛，必须占据台江海湾。而大员港和鹿耳门港是进入台江的两条主要航道，大员港航道被热兰遮城的火炮控制。”
“为了避开敌人的强大炮火，我决定从鹿耳门港进军，可此处水浅且水下暗礁密布，航道曲折狭窄，大船只有在涨潮时才能通过。所以接近鹿耳门港后，不要急于前进，必须等到潮起之时方可行动。”
鹿耳门港后来被泥沙淤积成陆地了，只留下一条小溪叫鹿耳门溪，此地的凶险可想而知。
将领们点着头，何斌补充道：“诸位将军也不必过于担心，所谓有得必有失。鹿耳门港虽然地势险峻暗流汹涌，但荷兰人却没有在鹿耳门重点防御，因为鹿耳门淤沙严重，大船根本无法通过，所以荷兰人在鹿耳门沉了几条船堵塞海道后，并未对其有过多关注，这给了我们可乘之机。”
何斌对盘踞在东番岛的荷兰人了若指掌，事情果如他预料一般，当鹿耳门港大潮来临时，郑森船队轻而易举通过港湾，长驱直入登陆北线尾岛。
此时荷兰人才知道大军压境，驻扎在普罗文蒂亚城的荷兰守军见郑军登陆，长官猫实南叮派拨鬼仔率领250名士兵前来抵御。
拨鬼仔虽然只有三百不到的兵力，但毫无惧意，大言炎炎道：“中国人只要听到火枪的声音就会溃逃，完全不堪一击。且看我如何把这些废物打得屁滚尿流，好让他们知道荷兰人的厉害！”
但事情的发展却超过拨鬼仔的设想，郑森见荷军出战，下令前锋部队布阵待敌，并分出一部分士兵乘坐帆船在沙丘掩护下绕到荷军背后登陆。
双方遭遇，拨鬼仔叫嚣着让手下们放枪，万万没有想到，对面的敌人竟然也放起排枪来，他吃了一惊。
怎么中国人不害怕火枪了？
更让拨鬼仔惊惶的事情还在后面呢，荷军只来得及打出三排枪，突然发现后方出现郑军刀牌手，己方陷入两面夹击的危险局面，
于是拨鬼仔决定整兵撤退，并命令荷军向后方郑军发放排枪，但荷军士兵此时已经慌了阵脚，阻挡未果，被郑军冲入阵列短兵相接，之后荷军在两面夹击下彻底崩溃。
此战郑军大获全胜，荷军上尉拨鬼仔阵亡，并全军覆没。
不费吹灰之力拿下北线尾岛后，士气大振，郑森决定一鼓作气攻下热兰遮城。
船队占领了大员港，四百艘战船横亘起来，封锁了海面。与此同时，士兵们登陆了，准备朝着热兰遮城发起总攻。
来到城下，人们大受震动，好一座巍峨坚固的城堡！
热兰遮城作为荷兰人在东番岛的大本营，使用砖石垒砌，并采用大明朝的三合土技术作为粘合剂，使墙体更加坚固。
城池分为上、下两城，上城又有上下两层，上层最中间是一座四方形的三层建筑，史料称高达三丈。可谓层层叠叠，屏障重重。
上层城墙四周各有一座棱堡，每座棱堡都配置了12门红夷大炮，在山脚位置的下层又由四座半圆堡和城墙组成，每座半圆堡配置3门红夷大炮，共12门，此外还有两座棱堡，分别配置4门红夷大炮。然后在城堡南方制高点还有一座独立的碉堡炮台“乌特利支堡”，配制大炮12门。
除了这些碉堡外，热兰遮城最外围又布置了一层木栅栏，用来将敌军最大程度的拖延在火炮射击范围之内，造成最大杀伤。
亲眼看到固若金汤的热兰遮城的防御情况，郑森头皮麻了，心想这一仗恐怕不好打，不知要耗费多少力气。
但事已至此，只能硬着头皮发起攻击。前锋部队投入了三千人，在己方大炮的掩护下，冲向热兰遮城。
城上顿时火炮轰鸣，巨大的炮弹如同雨点错落有致砸了下来。脚下的土地震动着，天上的空气呼啸着，郑军士兵成片倒下，血水浸透了泥沙，泥沙又被后面的人踩踏成红色的泥浆。
短短半个时辰，三千士兵死了大半，而取得的战果简直不忍直视。只有两三百人推倒了几十米长的栅栏，突进到下城外围的城墙边，可他们很快又遭到了荷兰人火枪兵的阻击。
偏偏在这个时候，虎卫镇将领杨祖派人来报：“少主，不好了，普罗文蒂亚城长官猫实南叮派出一只舰队前去攻击鹿耳门海港，想要切断我们的退路！”
郑森皱紧眉头，暗想荷兰人并不愚蠢，还挺会打仗的。
倘若鹿耳门港再次落入荷兰人手中，而己方不能迅速啃下热兰遮城这一块硬骨头，便要两面受敌，置身于险境了。
沉思片刻后，郑森叫来先锋官陈泽道：“经过慎重考虑，我决定改变策略，先解决了普罗文蒂亚城的荷兰人再说。为了防止热兰遮城的敌人从后掩杀，我需要你带领一半的船队继续围城，给我争取时间。明白我的意思吗？”
“末将明白！”陈泽拍着胸脯，保证道，“我不敢说攻破热兰遮城，但一定会堵死敌人的出路，不让荷兰人踏出此城半步。”
“如此甚好！”郑森不作任何停留，带上两百艘战船离开大员港。
半天不到的时间，郑森的船队与敌军舰队在海上遭遇了，大战一触即发。