后来秦始皇再次巡行天下，当年七月，行至沙丘时病重，秦始皇命中车府令赵高写遗诏给扶苏，遗诏内容是让扶苏将兵权交给蒙恬，赶快回咸阳主持丧事并继承帝位。
当时遗诏已经封好，还没来得及交给使者送去，秦始皇便不幸去世。
秦始皇死后，赵高和丞相李斯等人与秦始皇的小儿子胡亥阴谋篡改秦始皇的遗诏，立胡亥为太子。同时伪造一封遗诏赐给扶苏，列举扶苏和蒙恬的罪过，命令他们自杀。
胡亥派使者将遗诏送到上郡给扶苏，扶苏看到遗诏内容，就哭泣着走入内宅，准备自杀。
蒙恬阻止扶苏说：“陛下如今在外，还未立太子，派我率领三十万大军把守边疆，让公子你来监督，这是关系天下安危的重大任务！如今只因一个使臣到来，你就想自杀，你哪里知道这不是奸诈的诡计呢？我请求你重新去请示一下，等请示之后再死也不迟！”
使者在旁边一再逼迫催促，扶苏对蒙恬说：“如果父亲命令儿子自杀，那还要再请示些什么呢？”说完便自杀而死。
公子扶苏和李建成二人的死亡，最大的不同就是。
谋害李建成的李世民，功勋卓著，带领唐朝走向繁荣昌盛，引领大唐盛世，成就了一代明君，而胡亥则二世而亡，终于导致了大秦的灭亡。
此时，风云面前的公子扶苏，就是一位翩翩有礼的公子。
每次看到扶苏，风云都忍不住在想，如果要是扶苏没有死，是他继承了皇位，那这个世界又改发生什么样翻天覆地的变化呢？
或许没有如果，关于始皇帝为什么一直不立太子这个事情，风云也有自己的看法，他认为扶苏是始皇帝最大的威胁，始皇帝从未有过想传位给扶苏的意思。
因为楚国和秦国世代联姻，外戚集团从宣太后芈月起，就一直是秦国宫廷影响力极大的势力。从陈胜吴广起兵反秦后，宣布楚国复国，并同时打着扶苏和楚国名将“项燕”的旗号，也能看出，扶苏身上极可能留着楚国公主的血，楚地的百姓才会对他有天然的亲近感。
秦灭楚战争中，楚国公子出身的秦国丞相昌平君起兵反秦，导致秦将李信大军兵败。因此事件，秦始皇处死另一位楚国公子出身的重臣昌文君，更铲除了楚氏外戚集团。对秦始皇而言，这无异于一次极大的背叛，也对流着楚国血脉的扶苏充满戒备。
扶苏本身就代表着楚氏外戚集团重新崛起的希望，再加上对朝政要务更自有主张，屡次悖逆秦始皇的政治举措，实际上已成为反对郡县制、反对焚书坑儒，反对北修长城南伐百越、反对沉重赋税和徭役、反对大修宫室和骊山陵墓的那些势力团体的代表人物。
“立储以嫡，无嫡立长”，是华夏世界从商朝和周朝起，通行了上千年的礼法准则。
秦始皇生前为加强集权，未立皇后，自然没有嫡子，因此作为庶长子的扶苏，按礼法就是皇位当然的第一继承人。
对秦始皇来说，原本就和他政见截然不同的扶苏，更因此成为他皇位的最大潜在威胁，不能不心生忌惮，才一直不愿立他为皇太子，不肯给他正式的储君名号。
秦始皇感受到了扶苏的直接威胁，却没有断然废掉、甚至杀掉扶苏，同样是源于扶苏是各方反对秦政制度集团的共同代表，断然处置并非万全之策，要防止这些势力孤注一掷，变起肘腋。
所以，秦始皇选择了温水煮青蛙的手段，先放逐扶苏去边疆做监军，调虎离山之后，从而方便自己一步步削弱其势力。
而对支持扶苏继位的那些势力集团来说，能接触到三十万精锐大军的兵权，也可以乐观理解成对扶苏的信任和看重，当然不会因此就奋然一搏。他们之后就把目光都投向北疆，集中精力放在帮助扶苏得到长城军团统帅蒙恬的信任和支持上。
古训云“五大不在边”（太子、君主的同母弟、君主贵宠的公子、王孙 、累世正卿等五种人，不宜久居边地，因为他们有权有势，和君主关系亲密，一旦久居边地，很容易心怀不轨，起兵反叛。）所以，如果当真是君主十分属意的继承人，是绝不可能让他久居边塞的。
春秋时期，晋献公以分封之名，将太子申生放逐出外，举国臣民就都知道他要废太子了。
对照此前例，始皇帝把扶苏发配边疆之举，同样说明了扶苏根本就不是他真正中意的继承人，才不肯让扶苏久居国都咸阳，和李斯为代表的朝堂大臣、赵高为代表的宫廷近臣处好关系，为未来继承皇位做准备。
扶苏以皇子监军后，和他要监察的蒙恬并未相互制衡，反而关系密切，结为一党，更加剧了始皇帝对他的忌惮之心，同时也就愈发将扶苏排除于皇位继承人选之外，同时对蒙氏兄弟也不再如从前一般信任了。
当秦始皇病重之时，在处置身后事的紧要关头，却将蒙毅这个亲信重臣派遣出外，同样证明了直到此时，秦始皇依旧没有考虑过传位扶苏，才会特意将已经成为扶苏的重要盟友的蒙毅支开。
否则的话，如果秦始皇死时，蒙毅若在场，那么以他长期随侍秦始皇，还曾惩处赵高，在一众亲信近臣的极高权势和威信，这些近臣绝不可能一边倒地支持李斯和赵高。
两派相争动荡之下，哪怕李斯和赵高取胜，消息也势必走漏，难以保密。扶苏蒙恬知道秦始皇已死的消息后，又怎会老老实实地认命自杀？
秦始皇死前，接受了李斯、冯去疾等亲信大臣的提议，选择幼子胡亥即位，只因为一个庸碌的弱势君主上台，秦始皇生前各项既定政策也会被延续下去。
而假如扶苏做了皇帝，秦始皇一生心血草创的大一统帝国的各项制度，都可能被自有主张的扶苏推翻，秦始皇生前竭力打击的外戚势力、宗室势力、儒家士人势力，都可能卷土重来，那么自以为”功盖三皇、德超五帝”的始皇帝，又岂能容忍和甘心？